A Diretoria Executiva do IPRECON é representada por um Diretor-Presidente nomeado pelo Prefeito Municipal dentre os segurados ativos do Instituto, já aprovados em estágio probatório ou inativos, com formação em nível superior.

Seu quadro permanente de cargos foi reformulado pela Lei Complementar nº 572, de 29 de novembro de 2010 e alterações. Atualmente, o IPRECON possui em seus setores técnicos servidores efetivos, aprovados em concurso público, que ocupam os cargos de Agente Administrativo (2 cargos), Administrador, Contador e Procurador.

Além da Diretoria Executiva e dos Setores Técnicos, a organização administrativa do IPRECON contempla os Conselhos Administrativo e Fiscal e o Comitê de Investimentos.