A Diretoria Executiva do IPRECON é representada por um Diretor-Presidente nomeado pelo Prefeito Municipal dentre os segurados ativos do Instituto, já aprovados em estágio probatório ou inativos, com formação em nível superior.

Seu quadro permanente de cargos foi reformulado pela Lei Complementar nº 921, de 4 de abril de 2024 e alterações. Atualmente, o IPRECON possui em seus setores técnicos servidores efetivos, aprovados em concurso público, que ocupam os cargos de Agente Administrativo, Analista de Gestão Administrativa (3 cargos), Administrador, Contador e Procurador.

Além da Diretoria Executiva e dos Setores Técnicos, a organização administrativa do IPRECON contempla os Conselhos Administrativo e Fiscal e o Comitê de Investimentos.